アフィリエイトサイトを新しく作成する際に、ドメインの取得作業がありますが、ドメインの種類としては以下の3つに分けられるかと思います。
①独自ドメイン
②独自ドメインを使用して下位ディレクトリに設定するサブドメイン
③サーバー会社のドメインから借りるサブドメイン
以上の選択肢が存在しますが、それぞれ長所と短所があります。上記の①②③についてよく分からない方はまずコチラをご覧下さい。
独自ドメイン
①独自ドメインで新しいサイトを作成する場合のメリットとしては、既存のサイトに対して、新しいサイトから貼られるリンクがサイト外（別ドメインからの）被リンクとして扱われるため、貼られる側のサイト（既存のサイト）は、SEOの評価として高い評価につながります。
つまり、「質の高い被リンク元となり得る」ということです。ただし、質の高い被リンク元になるには、そのサイト自体が高い評価を受けていることが前提となります。
デメリットとしては、新規に取得・開設されたばかりのドメイン名は検索エンジンに評価されにくいという、エイジングフィルタ（Googleにおいて独自に存在すると言われている、サイト開設からしばらくは最適なSEOを施しても上位表示されない一種のフィルタのこと。）に引っかかる可能性があります。
私の経験から言うとエイジングフィルタは、引っかかる場合もあるし、かからない場合もあります。こればかりは、どのようなサイトが引っかかるかは断言できません。
Yahoo!においてもドメインの取得年数が古いサイト程高く評価する傾向があります。
ですので、独自ドメインでサイトを新しく作成した場合、そのサイトが検索エンジンから評価を得るまでには、多少の時間とコストを要する場合があると言えます。
独自ドメインを使用して下位ディレクトリに設定するサブドメイン
②独自ドメインを使用して下位ディレクトリに設定するサブドメインの場合は、基本的には独自ドメインと同様のメリットが発生します。
しかしこの場合は、独自ドメイン名とサブドメイン名の関係性を、IPアドレスの情報等から検索エンジンが認識していると言われているので、被リンクの価値の高さや、エイジングフィルタなどによる低評価の度合いなど、メリット＆デメリット両方においての効果は、独自ドメインに比べて低くなるかと思います。
サーバー会社のドメインから借りるサブドメイン
③サーバー会社のドメインから借りるサブドメインの場合は、特段の理由が無い限りおすすめしません。
まず、最大のデメリットですが、レンタル先のサーバー会社がサブドメインのサービスを停止する可能性がある、ということが挙げられます。
そうなってしまったら最後、あなたが今まで手間隙掛けて行ってきたSEO対策は全て水の泡になってしまいます。これだけでも③の方法はおすすめ出来ないことが分かると思います。
ただ、実は、③の方法でもメリットは存在します。それはサーバー会社が取得している独自ドメインが持つ力の恩恵を受けることが出来るということです。
例えば、fc2というブログサービスを利用し、サブドメインでサイトを新たに立ち上げたとします。この場合はhttp://fc2.com/という大変高い評価を持つドメインの下層ディレクトリに自分のサイトを持つことになりますので、初めから高評価で発進できるという訳です。
「自分はどうしたいか？」で考えるのが何より大事！
以上が、それぞれのドメインにおけるメリット＆デメリットになりますが、ここで述べたメリット・デメリットのみでサイトの公開場所（ドメインの種類）を決めることはお勧めしていません。
検索エンジンの評価基準は日進月歩で進化していますので、基本的にはSEO対策を念頭においたサイト展開よりも、コンテンツの内容に応じたサイト展開の方が、最終的には検索エンジンの評価に繋がると思います。
『新しいサイトは、既存のサイトのテーマとは大きくかけ離れたテーマなので、独自ドメインでいこう』とか、『セルライトをテーマにサイトを作成したが、今度は脚やせの話題も扱っていきたい。基本的にはどちらもダイエット関連のテーマなのでサブドメインにしよう』といった考えの方が理にかなっていると思います。
そういった観点から、アフィリエイト初心者が初めてサイトを立ち上げるのにオススメなのは独自ドメイン、とゼミ長は考えています。